Kaczka błękitna jest zagrożona z kilku powodów:
- Utrata i degradacja siedliska: Wycinka lasów, zanieczyszczenie wód, gatunki inwazyjne.
- Polowanie i drapieżność: Polowana dla mięsa i piór, ofiarą kun i szczurów.
- Choroby: Wrażliwa na cholerę ptasią i ospę.
- Zmiany klimatu: Zmieniają siedlisko i dostępność pożywienia.