Orły łysogłowe to oportunistyczne drapieżniki, które głównie jedzą ryby, ale również małe ssaki, ptaki i gady.
Zazwyczaj polują wcześnie rano lub późnym popołudniem, unosząc się nad wodą i nurkując, by chwycić ofiarę pazurami. Ulubione ryby to łosoś, trout, sandacz. Mogą też kraść ryby innym ptakom.
Oprócz ryb jedzą króliki, wiewiórki, chomiki, kaczki, gęsi, mewy, węże, żółwie. Spożywają cokolwiek dostępne.