Główne przyczyny zagrożenia orłów łuskich to:
- Polowanie i strzelanie: W XVIII i XIX wieku często postrzegano je jako zagrożenie dla bydła i rolnictwa i rutynowo je zabijano.
- Użycie pestycydów: Powszechne stosowanie DDT powodowało z cienienie skorupiek jaj i ich łatwe pękanie, prowadząc do spadku reprodukcji.
- Utrata i niszczenie siedlisk: Leśnictwo, urbanizacja i rolnictwo niszczyły i zmieniały ich naturalne siedliska.
W wyniku tych czynników populacja orła łuskiego drastycznie spadła, a gatunek został sklasyfikowany jako zagrożony w latach 70. XX wieku.