Nie, orły łyse nie są zagrożone wyginięciem. Ich populacje systematycznie rosną. W 1963 r. w kontynentalnych USA było tylko 417 gniazd orłów łysych. Do 2019 r. liczba ta wzrosła do ponad 70 000.
Ten sukces wdzięczą zakazowi DDT (który zacieniał skorupki jaj) oraz odnowie siedlisk. Orły łyse nie są obecnie uważane za zagrożone ani zagrożone wyginięciem.