Nie można niezawodnie określić płci orłów łuskich na podstawie cech fizycznych, chyba że porównamy dwa osobniki obok siebie – samice są nieco większe od samców. Dorosłe samce i samice mają podobny rozmiar, kolorystykę, oznaki i wokalizacje.
Jedną pewną metodą jest test genetyczny (molekularne oznaczanie płci), który analizuje DNA ptaka, by zidentyfikować markery różniące samce od samic.