1. Spalanie w wysokiej temperaturze :Metoda ta polega na spalaniu zakażonych materiałów, w tym zwłok zakażonych zwierząt i całego skażonego sprzętu, w ekstremalnie wysokich temperaturach. Wysoka temperatura niszczy czynnik BSE, zapobiegając jego przenoszeniu.
2. Dezynfekcja chemiczna :Niektóre środki chemiczne, takie jak wodorotlenek sodu (ług) i nadtlenek wodoru, skutecznie niszczą czynnik BSE. Te chemikalia są nakładane na zakażone materiały, powodując denaturację białek i inaktywację zakaźnych prionów.
3. Sterylizacja parowa :Para pod wysokim ciśnieniem i w wysokiej temperaturze może również zniszczyć czynnik BSE. Metodę tę często stosuje się do sterylizacji instrumentów i sprzętu medycznego, ale można ją również zastosować do materiałów zanieczyszczonych BSE.