Trudno wskazać jednego największego użytkownika selekcji hodowlanej, bo praktyka ta jest powszechna w wielu sektorach.
Rolnictwo: Rolnicy i hodowcy poprawiają plon, odporność na choroby, wartość odżywczą roślin i zwierząt hodowlanych.
Hodowla zwierząt: Hodowcy psów i koni kształtują specyficzne usposobienie i cechy fizyczne.
Badania naukowe: Naukowcy stosują selekcję do badania cech genetycznych i tworzenia modeli zwierzęcych chorób.
Amatorzy: Osoby prywatne mogą tworzyć konkretne cechy u zwierząt domowych lub roślin ozdobnych.
Rosną debaty etyczne o dobrostanie zwierząt i skutkach nieprzewidzianych. Technologie edycji genów (CRISPR) mogą w niektórych zastosowaniach dawać alternatywę.