Podczas gdy brązowe oczy są najczęstszym kolorem oczu dla owczarków niemieckich, mogą również mieć:
* bursztynowe oczy: Ciepły, czerwonawo-brązowy kolor.
* niebieskie oczy: Mniej powszechne, ale możliwe.
* heterochromia: Posiadanie dwóch różnych kolorowych oczu. Jest to rzadkie, ale może wystąpić u owczarków niemieckich.
Kolor oczu owczarka niemieckiego zależy od ilości melaniny obecnej w tęczówce. Im bardziej melanina, tym ciemniejsze oczy.