Karpiki pygmejskie to ryby drapieżne, których dieta składa się głównie z drobnych zwierząt wodnych. Główne źródła pożywienia to copepody, amfipody i inne małe skorupiaki.
Spożywają też larwy owadów, robaki i bardzo małe ryby. Okazjonalnie mogą zjeść glebiny lub inne materiały roślinne, ale ofiary zwierzęce stanowią większość diety.