Polowanie i kłusowanie: Filipińskie jelenie jest polowane na mięso, skórę i poroża. Polowanie na jelenie jest popularną rozrywką na Filipinach, a egzekwowanie przepisów dotyczących polowania jest słabe. Kłusownictwo jest również poważnym problemem, ponieważ jelenie są często zabijane na sprzedaż na lokalnych rynkach.
Choroba: Filipiński jelenie jest również podatne na różne choroby, zarówno wprowadzone, jak i endemiczne. Jednym z najpoważniejszych zagrożeń jest choroba na stóp i usta, która może powodować poważną chorobę, a nawet śmierć w jelenie.
konkurencja z innymi gatunkami: Filipińskie jelenie stoją również w obliczu konkurencji o żywność i zasobów innych gatunków, w tym wprowadzonych gatunków jeleni, takich jak jelenie Rusa i jelenie Sika. Te wprowadzone gatunki mogą wyprzedzić filipińskie jelenie do żywności i siedlisk, a także mogą przenosić choroby.
Filipiński jelenie jest gatunkiem zagrożonym, a jego populacja gwałtownie spada. O ile nie zostaną podjęte skuteczne środki ochrony, prawdopodobnie wyginą się na wolności.