Utrata i fragmentacja siedliska: Lasy wycina się pod drzewnictwo, rolnictwo i rozwój, niszcząc pożywienie i schronienie oraz zwiększając podatność na polowanie.
Polowanie i braconierstwo: Polowane dla mięsa, skóry i poroży. Słabe egzekwowanie prawa i braconierstwo na lokalne rynki to duży problem.
Choroby: Podatne na choroby wprowadzone i endemiczne, w tym tętnię rogowe, która może powodować ciężkie choroby i śmierć.
Konkurencja z innymi gatunkami: Wprowadzone gatunki jeleń, takie jak rusa i sika, konkurują o pożywienie i siedlisko oraz mogą przenosić choroby.
Populacja jeleńia fiłipińskiego gwałtownie maleje. Chyba że skuteczne środki ochronne zostaną podjęte, prawdopodobnie wyginie w naturze.