Strata siedliska
Największym zagrożeniem dla lisów fenek jest niszczenie ich rodzimych siedlisk w Afryce Północnej i na Bliskim Wschodzie. Rolnictwo, ekspansja miejska i górnictwo szybko redukują pustynne ekosystemy, które nazywają domem, zmuszając je do mniejszych, bardziej wrażliwych terytoriów.
Polowanie i łapanie
Lisy fenek są polowane i łapane dla swojej skóry, która jest używana w odzieży i innych produktach. W niektórych regionach są również celowane dla sportu lub łapane do handlu zwierzętami eksotycznymi.
Zmiany klimatu
Zmiany klimatu powodują pustynienie i rozszerzanie się stref suchych, kurcząc dostępne siedlisko. Coraz częstsze i silniejsze susze utrudniają lisom fenekom znalezienie niezawodnych źródeł pożywienia i wody.