Ryś kanadyjski ma niewielu naturalnych wrogów ze względu na rozmiar i umiejętności łowieckie, ale stoi przed zagrożeniami:
Drapieżnicy: Wilki, niedźwiedzie, rosomaki – zwłaszcza wobec młodych lub osłabionych rysiów.
Inne zagrożenia: Działalność ludzka, choroby, konkurencja z rysiem czerwonym, kojotami, sowami.
Rysie ogólnie dobrze przystosowane do surowych środowisk, ale te czynniki mogą powodować spadki populacji w niektórych rejonach.