Gatunki zagrożone, które obecnie można spotkać tylko w ogrodach zoologicznych, często pochodzą z małych, odizolowanych populacji, których liczebność została zredukowana do krytycznie małej liczby z powodu różnych czynników, takich jak utrata siedlisk, polowania i nadmierna eksploatacja. Gatunki te wprowadzane do ogrodów zoologicznych w celach ochronnych i hodowlanych mogą zawierać jedynie ułamek różnorodności genetycznej występującej w dzikiej populacji.
W miarę rozmnażania się tych gatunków w niewoli ograniczona zmienność genetyczna ulega dalszej koncentracji, co powoduje utratę alleli i zmniejszenie różnorodności genetycznej. Z biegiem czasu może to mieć szkodliwy wpływ na zdolność gatunku do przystosowania się do zmieniających się warunków środowiskowych i zwiększoną podatność na choroby, czyniąc je bardziej podatnymi na wyginięcie.
Aby złagodzić skutki efektu założyciela i zachować różnorodność genetyczną, programy ochrony w ogrodach zoologicznych często wdrażają strategie, takie jak hodowla selektywna, zarządzanie populacją i ratowanie genetyczne. Środki te mają na celu wprowadzenie nowego materiału genetycznego do populacji trzymanych w niewoli, utrzymanie różnorodności genetycznej i zmniejszenie ryzyka depresji chowu wsobnego i innych problemów genetycznych, które mogą wynikać z niskiej zmienności genetycznej.