Wycinka lasów i utrata siedliska
Główna przyczyna zagrożenia małpy pająka wełnistej to utrata siedliska. Lasy czyszczone pod drzewnictwo, rolnictwo, osady ludzkie. To sprawia, że małpa traci siedlisko i zdolność do znajdowania pożywienia i schronienia.
Polowanie i bractwo
Małpy pająki wełniste poluje się na mięso i futro. To poważne zagrożenie – zmniejsza populację i hamuje rozmnażanie.
Zmiany klimatu
Zmiany klimatu też grożą małpie pająka wełnistej. Siedlisko staje się mniej przyjazne, zmuszając do migracji do nowych obszarów, gdzie może nie być tak dobrze zaadaptowana i spotkać nowe zagrożenia.