Uakari jest zagrożony głównie przez wycinkę lasów deszczowych Amazonii: wycinka drzew, rolnictwo, hodowla bydła, górnictwo, ekspansja osiedli. Utrata siedliska fragmentuje i izoluje populacje, redukując różnorodność genetyczną. Polowane są też dla mięsa i egzotycznego handlu ze względu na charakterystyczne czerwone/pomarańczowe futro. Zmiany klimatyczne zmieniają opady i roślinność, wpływając na pokarm. Dodatkowe zagrożenia: choroby, fragmentacja dróg, zanieczyszczenia z górnictwa i rolnictwa.