Nie wszystkie nietoperze są czarne. Występują w wielu kolorach, w tym brązowy, szary, czerwony, pomarańczowy, a niektóre mają białe lub żółte futro. Kolor zależy od gatunku i siedliska; nietoperze jaskiniowe są zazwyczaj ciemniejsze niż te żyjące w jaśniejszych środowiskach.