Nietoperze żyją w wielu różnych miejscach na świecie, w tym w jaskiniach, drzewostanach pustych, szczelinach skał, starych kopalniach, tunelach, mostach i czasem w budynkach. Niektóre gatunki preferują ciepłe miejsca noclegowe jak jaskinie czy gorące strychy, inne wybierają chłodniejsze schroniska np. wierzchołki pustych martwych drzew. Siedlisko noclegowe i lokalizacja mogą się zmieniać w ciągu roku ze względu na strategie parowania, pogodę i dostępność pożywienia.