Strata i degradacja siedlisk
Nietoperze szare zależą od dojrzałych, nienaruszonych lasów do schronienia i posukiwania pożywienia. Fragmentacja i niszczenie lasów usuwa te siedliska. Strata jaskiń i kopalń – kluczowych do hibernacji – grozi im, zwłaszcza gdy górnictwo, wandalizm lub turystyka zakłócają cykle hibernacji. Szersze zmiany użytkowania gruntów – wycinka, rolnictwo, urbanizacja – ograniczają pożywienie i miejsca schronienia.
Biała choroba nosowa
Grzybicza choroba "biała choroba nososa" (Pseudogymnoascus destructans) zdziewała populacje nietoperzy w Ameryce Północnej. Zakłóca hibernację, prowadząc do odwodnienia, wygłodzenia i śmierci, szybko rozprzestrzeniając się w koloniach.
Zmiany klimatu i inne zagrożenia
Zmienne pogody i skrajne zjawiska zakłócają hibernację i poszukiwanie pożywienia. Zmiany klimatu wpływają na populacje owadów – głównego pożywienia nietoperza szarego. Dodatkowe ryzyka: choroby, dérangement człowieka (jaskiniarstwo, obserwacja), pestycydy zmniejszające pożywienie lub trujące nietoperze.
Działania ochronne
Kluczowe: ochrona i rewitalizacja lasów i jaskiń. Badania nad białą chorobą nosową i leczeniem. Edukacja społeczeństwa o nietoperzach i ich roli ekologicznej – niezbędna do długoterminowego przetrwania.