Jelenie Key stoją przed kilkoma zagrożeniami:
- Zniszczenie siedliska: rozwój ludzki zmniejsza przestrzeń na pożywienie i schronienie.
- Drapieżnicy: ryje, kojoty, aligatorzy, węże polują na nie.
- Przeludnienie: konkurencja o zasoby i większa wrażliwość na choroby.
- Polowanie: nielegalne polowanie wciąż ma miejsce mimo ochrony.
- Katastrofy naturalne: huragany niszczą siedlisko, pozostawiając jelenie narażone na głód i choroby.