Missisippi jest domem dla zróżnicowanej fauny, w tym wielu gatunków rodzimych dla tego stanu:
- Żaba gopher missisipijska – endemiczna dla Missisippi, federalnie zagrożona
- Salamandra płaskogórska – w lasach sosnowych Missisippi i Alabamy
- Wąż sosnowy – w lasach sosnowych Missisippi i innych stanów południowo-wschodnich
- Wąż głośny diamentowy – jeden z największych węży głośnych na świecie
- Jastrząb missisipijski – średniej wielkości jastrząb z szarym ciałem i białą głową
- Dzięcioł czerwonokoczy – mały czarno-biały dzięcioł z czerwoną plamą na głowie
- Strzyżyk Bachmana – na polach otwartych i w lasach sosnowych
- Modraszek wschodni – mały modraszek z rudobrunatną piersią
- Aligator amerykański – w bagna, rzekach i jeziorach
- Jesiotr mexikański – duża, prehistoriczna ryba w Zatoce Meksykańskiej i jej dopływach
To tylko kilka przykładów wielu zwierząt rodzimych w Missisippi.