Czarne małpy pająka siedzą blisko szczytu łańcucha pokarmowego w lasach deszczowych, ale mają pewnych drapieżników.
Duże koty takie jak jaguar i puma mogą polować na nie, zwłaszcza jeśli małpy są ranną. Duże węże jak anakondy zagrażają młodym, a potężne orły harpii potrafią złapać dorosłe osobniki, choć rzadko.
Największe zagrożenie to jednak ludzie – polowanie, wycinka lasów, utrata siedliska. Małpy pająka uciekają większości naturalnych drapieżników dzięki zwinności i życiu w grupach.