Jaguary giną przez nielegalne polowanie na futro i części ciała, wartościowe na czarnym rynku. Strata i fragmentacja siedlisk przez wycinkę lasów, rolnictwo, infrastrukturę i urbanizację zmniejsza przestrzeń, jaką jaguary potrzebują do wędrówek, i zakłóca wzorce rozmnażania i posiłkowania.
Konflikt człowiek-przyroda też odgrywa rolę, bo jaguary polujące na bydło mogą być zabijane przez farmerów i farmerów. Zmiany klimatu zmieniają siedliska i dostępność ofiar, a stosunkowo niska różnorodność genetyczna sprawia, że jaguary są bardziej wrażliwe na choroby i zmiany środowiskowe.