Jeleń mułowy zamieszkuje lasy, a także lasy mieszane, krzakowiska i łąki. Preferują obszary z mieszanką otwartych przestrzeni i krycia, często blisko wody. Las za domem może dawać odpowiednie siedlisko: pożywkę, schronienie, rozmnażanie.
Jelenie mułowe to gatunek kluczowy w ekosystemach leśnych – kontrolują populacje drapieżników przez dostępność ofiar i rozsiewają nasiona, utrwalając różnorodność roślinną. Ich obecność często wskazuje na zdrowy ekosystem.