Nie ma odrębnej nazwy naukowej dla konia szetlandzkiego. Klasyfikuje się go jako Equus caballus – tę samą nazwę naukową co wszystkie inne konie domowe.
Termin „koń szetlandzki” to nazwa rasy, nie gatunku. To jak „złoty retriever” – rasa w obrębie gatunku Canis familiaris (pies).