Temperatura ciała karłowatego konia morskiego pokrywa się z temperaturą otaczającej wody. Jak większość ryb, karłowate konie morskie nie potrafią regulować własnej temperatury wewnętrznej i są w pełni zależne od środowiska.
Ponieważ nie mają niezależnej kontroli temperatury, ich ciepło ciała waha się z morskim habitatem wokół nich. Gdy woda się ogrzewa lub chłodzi, tak samo robi konik.