Konie morskie dzielą łąki morskie, rafy koralowe i zarośla manglowe z igłokrylami, krewetkami, krabami, glonami, trawami morskimi, jeżowcami morskimi, gwiazdami morskimi, mięczakami i różnymi rybami, takimi jak gobiowe, blennie i rybki damskie. Stają się też ofiarami drapieżników: większych ryb, ptaków morskich i ssaków morskich. Konkretne towarzysze zależą od lokalizacji i siedliska, tworząc zróżnicowane ekosystemy morskie.