Zniszczenie siedlisk
Morskie koniki zależą od raf koralowych i łąk morskich traw jako schronienia, pożywienia i miejsc rozmnażania. Te siedliska niszczone są przez rozwój przylądkowy, zanieczyszczenia i połow nadmiarowy, pozostawiając koniki bez domostwa.
Połow nadmiarowy
Morskie koniki łowione są na pożywienie, medycynę tradycyjną i handel akwarystyczny. Popyt napędza spadek populacji na całym świecie.
Zmiany klimatyczne
Wzrost temperatur oceanów powoduje wybielanie koralowców i niszczenie siedlisk. Skrajne zjawiska pogodowe, jak huragany, również niszczą siedliska morskich koników.
Zanieczyszczenie
Zanieczyszczenia z ścieków, nawozów i pestycydów zatruwają siedliska morskich koników i utrudniają przetrwanie.
Przypadkowy połow (bycatch)
Morskie koniki często trafiają do sieci celujących w inne gatunki. Bycatch zabija duże liczby i stanowi poważne zagrożenie.
Ciekawość i interakcja ludzka
Interakcja i zbieranie przez ludzi może powodować stres i śmiertelność, zwłaszcza gdy koniki są wyjmowane ze środowiska do badań lub trzymane jako zwierzęta domowe.