Koniki dziki stoją przed zagrożeniami naturalnymi i ludzkimi:
Naturalne: Drapieżnictwo, choroby, surowa pogoda, katastrofy naturalne, konkurencja o pasła.
Ludzkie: Utrata i fragmentacja siedlisk, przeziębienie, konflikty z ludźmi, odstrzelanie i usuwanie, wypadki drożowe, zanieczyszczenie.
Zarządzanie populacjami koników dzikich wymaga zrównoważenia potrzeb ekosystemu z interesami ludzkimi. Zrozumienie zagrożeń to podstawa ochrony.