Masa pingwina cesarskiego zależy od pory roku, wieku i zdrowia. W sezonie lęgowym dorośli średnio ważą 30–35 kg (66–77 lbs). Gdy opuszczają miejsca lęgowe, mogą ważyć zaledwie 23 kg (51 lbs). Po linie ok. stycznia i lutego, niektóre samce mogą ważyć zaledwie 11 kg (24 lbs).