Konik morski z Knysny jest zagrożony z powodu:
- Przełowienia: łowiony jako przylów bez regulacji gatunkowych.
- Degradacja siedliska: rozwój wybrzeży, zanieczyszczenia, zmiana mangrow niszczą miejsca rozmnażania.
- Wolne rozmnażanie: samce noszą jaja, a zakłócenia w tym etapie redukują sukces.
- Handel akwarystyczny: nieuzyskanne zbieranie wyczerpuje populacje dzikie.
- Zmiany klimatu: ocieplenie mórz i zakwaszenie wpływają na siedlisko i ofiary.
- Ograniczony zasięg: mały zasięg wzdłuż południowego wybrzeża Afryki Południowej zwiększa wrażliwość.