Brak współczesnych obserwacji :Pomimo tego, że jest to jedno z największych i najbardziej potężnych stworzeń morskich, jakie kiedykolwiek istniały, nie było wiarygodnych nowoczesnych obserwacji megalodonów. Sugeruje to, że gatunek rzeczywiście wymarł, ponieważ jego wielkość i obfitość prawdopodobnie utrudnią opuścić we współczesnym oceanie.
Zmiany paleoceanograficzne :Przejście z pliocenu na epoki plejstocenu naznaczone było znacznymi zmianami środowiska, w tym chłodzącymi globalnymi temperaturami, wahaniami poziomu morza i zmianami krążenia oceanicznego. Zmiany te mogły mieć wpływ na dostępność źródeł żywności lub ich siedlisk, co ostatecznie prowadzi do wyginięcia megalodonów.
konkurencja ze strony innych drapieżników :Megalodony były drapieżnikami wierzchołkowymi, ale prawdopodobnie stanęli w obliczu konkurencji ze strony innych drapieżników morskich, takich jak Wielki Biały Rekin (Carcharodon Carchariaas) i obecnie wymuszone Livyatan Melvillei, gigantyczny wieloryb plemników. Rywalizacja o zasoby i siedliska mogła przyczynić się do spadku populacji Megalodon.