Warany komodzkie rozmnażają się zarówno przez parowanie płciowe, jak i partenogenezę (rozmnażenie bezpłciowe). W sezonie parowania samce rywalizują o samice, okazując dominancję. Parowanie polega na objęciu szyi samicy przez samca i wprowadzeniu jego hemipenisów.
Samice mogą też rodzić potomstwo bez samców dzięki partenogenezie. Po zapłodnieniu samica składa do 25 jaj w norze lub drzewie pniu. Inkubacja trwa ok. 8–9 miesięcy. Młodzie są samowystarczalne i od razu polują na owady i małe gady.
Samice mogą magazynować nasienie do późniejszego użytku, a młodzie mają specjalny ząb jajowy do przebijania skorupy. Te strategie pomagają waranom komodzким przetrwać w ekosystemach wyspiarskich.