Istnieje jednak kilka wyjątków:
* małe rekiny i ryby :Młode lub mniejsze rekiny wielorybów mogą być narażone na atak większych rekinów, zwłaszcza gdy wciąż się rozwijają.
* orcas (Killer Whales) :Chociaż nie jest to częste zdarzenie, Orki są znane z tego, że żerują na rekinach wielorybów. Są bardzo inteligentni i zdolni do polowania na dużą ofiarę.
* Ludzie :Niestety, ludzie stanowią poważne zagrożenie dla rekinów wielorybów poprzez praktyki połowowe, takie jak przypadkowe przyłownictwo i ukierunkowane wędkarstwo.
Ważne jest, aby pamiętać, że rekiny wielorybów nie są regularnie polowane przez inne zwierzęta ze względu na ich ogromne rozmiar i mechanizmy obronne. Bardziej prawdopodobne jest, że napotykają zagrożenia ze strony ludzi niż innych zwierząt.