Nicienie znajdują się w szerokiej gamie siedlisk, od głębokości oceanu po szczyty gór i od regionów polarnych po pustynie. Najliczniejsze gatunki nicieni są swobodne, zamieszkujące glebę lub wodę. Jednak niektóre nicienie są pasożytami roślin, zwierząt, grzybów lub bakterii. Nicienie pasożytnicze mogą mieć zarówno pozytywny, jak i negatywny wpływ na ich gospodarzy. Niektóre pasożytnicze nicienie mogą powodować choroby u ludzi i innych zwierząt, podczas gdy inne mogą być korzystne, pomagając kontrolować populacje owadów.
Nicienie są ważnymi członkami ekosystemu gleby, w którym odgrywają kluczową rolę w recyklingu składników odżywczych. Nicienie to rozkładniki, które żywią się materią organiczną, rozkładając ją i uwalniając składniki odżywcze z powrotem do gleby. Nicienie przyczyniają się również do napowietrzania gleby i pomagają poprawić strukturę gleby. Nicienie są również źródłami żywności dla innych organizmów, takich jak ptaki, owady i ryby.