Niszczenie fizyczne
Skamieniałości mogą zostać zniszczone przez erozję, glację, aktywność wulkaniczną, trzęsienia ziemi i budowę ludzką: drogi, budynki.
Niszczenie chemiczne
Procesy chemiczne, takie jak rozpuszczanie wodą lub kwasami, utlenianie i hydroliza, mogą zniszczyć skamieniałości.
Niszczenie biologiczne
Kopanie przez zwierzęta, wzrost korzeni roślin i aktywność mikroorganizmów mogą uszkodzić lub rozłożyć skamieniałości.