Złotogrzbiety kapucyn jest zagrożony przez:
- Polowanie: Zabijany na mięso i futro, łapany do handlu zwierzętami domowymi, badań i cyrków.
- Niszczenie siedliska: Wycinka lasów zmniejszyła jego i tak mały zasięg, z niektórymi brazylijskimi lasami pomniejszonymi o 95%.
- Zmiany klimatyczne: Przesunięcia temperatury i opadów wpływają na pożywienie, schronienie i rozmnażanie.