Utrata różnorodności biologicznej :Wyginięcie drzew miłorzębu japońskiego zmniejszyłoby ogólną różnorodność biologiczną ekosystemu. Jako jedyny żyjący gatunek z rodzaju Ginkgo, jego zniknięcie wyeliminowałoby ze środowiska unikalną linię genetyczną i niszę ekologiczną.
Wpływ na łańcuch pokarmowy :Drzewa miłorzębu japońskiego dostarczają pożywienia różnym zwierzętom, w tym owadom, ptakom i małym ssakom. Liście, nasiona i inne części drzewa służą jako źródło pożywienia dla tych organizmów. Wraz z utratą tego źródła pożywienia populacje gatunków zależnych od miłorzębu japońskiego mogą się zmniejszyć lub stanąć przed wyzwaniami związanymi ze znalezieniem alternatywnych źródeł pożywienia.
Zmiana struktury siedliska :Drzewa miłorzębu japońskiego przyczyniają się do ogólnej struktury i złożoności ekosystemu. Stanowią miejsca gniazdowania dla ptaków i schronienia dla innych zwierząt. Utrata tych drzew może prowadzić do pogorszenia jakości siedlisk i zmniejszenia liczby gatunków zdolnych do rozwoju w środowisku.
Zakłócenie interakcji ekologicznych :Drzewa miłorzębu japońskiego uczestniczą w różnych interakcjach ekologicznych z innymi gatunkami, w tym w zapylaniu, rozprzestrzenianiu nasion i obiegu składników odżywczych. Ich wyginięcie zakłóciłoby te interakcje i miałoby kaskadowy wpływ na cały ekosystem. Na przykład brak kwiatów miłorzębu japońskiego miałby wpływ na dostępność nektaru dla zapylaczy, wpływając na populacje innych roślin kwiatowych, których rozmnażanie jest zależne od tych zapylaczy.
Zmiana dynamiki ekosystemu :Wymieranie drzew miłorzębu japońskiego może spowodować zmiany w dynamice ekosystemu. Na przykład utrata tych drzew może zmienić procesy obiegu składników odżywczych, skład gleby i warunki mikroklimatu, prowadząc do zmian w rozmieszczeniu i liczebności innych gatunków roślin i zwierząt na danym obszarze.
Ogólnie rzecz biorąc, wyginięcie miłorzębu japońskiego miałoby daleko idące konsekwencje dla ekosystemu, który zamieszkuje, wpływając na różnorodność biologiczną, dynamikę łańcucha pokarmowego, strukturę siedlisk, interakcje ekologiczne i ogólną dynamikę ekosystemu.