Dokładny rozmiar populacji ryby napoleon nie jest znany, ale naukowcy zgadzają się, że jej liczebność maleje. Międzynarodowy Związek Ochrony Przyrody (IUCN) sklasyfikował gatunek jako Krytycznie Zagrożony, głównie z powodu przełowienia i degradacji siedliska. Bez celowanych działań ochronnych ten ikoniczny ryba rafowa stoi przed niepewną przyszłością.