Strata siedliska
Głównym zagrożeniem jest niszczenie i fragmentacja lasów deszczowych pod wycinkę, rolnictwo i rozwój.
Polowanie
Jaguarze są polowane za futro, mięso i zęby, a także zabijani w konfliktach z farmerami nad zwierzętami hodowlanymi.
Zmiany klimatyczne
Wzrost temperatur czyni tropikalne siedliska mniej odpowiednimi dla jaguarów.
Choroby
Jaguarze mogą zarazić się chorobami od zwierząt domowych, takich jak psy i koty, co może być śmiertelne.