Rozkład :Po śmierci organizmu jego ciało ulega szybkiemu rozkładowi przez mikroorganizmy, takie jak bakterie i grzyby. Proces ten rozkłada materię organiczną, pozostawiając niewielkie szanse na zachowanie całego organizmu.
Tafonomia :Tafonomia odnosi się do procesów zachodzących na organizm po jego śmierci i przemianie w skamieniałość. Procesy te obejmują oczyszczanie, transport przez wodę lub wiatr oraz narażenie na działanie takich elementów, jak światło słoneczne i deszcz. Czynniki te mogą rozproszyć lub uszkodzić pozostałości organizmu, przez co jest mało prawdopodobne, że cały organizm zostanie zachowany razem.
Warunki konserwacji :Aby zachować skamieniałości, konieczne są pewne warunki, w tym szybkie zakopywanie w celu zapobiegania rozkładowi, odpowiedni rodzaj osadu chroniący szczątki oraz brak niszczycielskich procesów geologicznych, takich jak erozja. Warunki te rzadko występują razem, co utrudnia zachowanie całych organizmów.
Czas i procesy geologiczne :Zdecydowana większość powstałych skamieniałości zostaje ostatecznie zniszczona lub zmieniona w czasie geologicznym. Dynamiczne procesy zachodzące na Ziemi, takie jak powstawanie gór, aktywność wulkaniczna i erozja, mogą deformować, pękać lub powodować erozję skał zawierających skamieniałości, jeszcze bardziej zmniejszając szanse na znalezienie całych skamieniałości.
Rzadkość :W niektórych przypadkach pierwotna populacja gatunku mogła być niewielka i zlokalizowana lub tylko niektóre osobniki mogły żyć w środowiskach sprzyjających skamieniałości. Ta rzadkość może utrudniać znalezienie wielu okazów, nie mówiąc już o całych organizmach.
W wyniku tych czynników większość skamieniałości jest fragmentaryczna i reprezentuje jedynie części organizmów, takie jak kości, zęby, muszle lub liście. Rzadkie występowanie całych skamieniałości zwierząt i roślin sprawia, że są one wyjątkowo cenne dla badań paleontologicznych i zrozumienia starożytnych ekosystemów.