Aligatory zadają jaja w gnieździe z materii roślinnej i bagna. Jaja mają zazwyczaj ok. 2 cale długości i są białe. Samica strzeże gniazda do momentu wylęgania, co trwa zazwyczaj ok. 2 miesięcy. Średni okres inkubacji jaja aligatora to ok. 70 dni, choć niektóre mogą wylęgnąć się już po 60 dniach, inne dopiero po 80 dniach.