- Utrata siedlisk :Głównym siedliskiem królika karłowatego są stepy szałwii i lasy jałowcowe, które szybko przekształcają się w zabudowę rolniczą i mieszkaniową. Ta utrata siedlisk spowodowała fragmentację populacji królika karłowatego, czyniąc go bardziej podatnym na drapieżniki i choroby.
- Prapieżnictwo :Króliki karłowate są ofiarami różnych drapieżników, w tym kojotów, lisów, borsuków i ptaków drapieżnych. Ponieważ siedlisko królika karłowatego jest rozdrobnione, drapieżnikom łatwiej jest uzyskać do niego dostęp i go zabić.
- Konkurencja :Króliki karłowate konkurują z innymi małymi ssakami, takimi jak piki i norniki, o pożywienie i schronienie. Konkurencja ta może ograniczyć zdolność królika karłowatego do przetrwania i reprodukcji.
- Choroba :Króliki karłowate są podatne na różne choroby, w tym tularemię, dżumę i kokcydiozę. Choroby te mogą szybko rozprzestrzeniać się w populacji, powodując powszechną śmiertelność.
- Zmiany klimatyczne :Zmiany klimatyczne stanowią także zagrożenie dla królika karłowatego. Przewiduje się, że na stepie szałwii i w lasach jałowca wystąpią podwyższone temperatury i zmniejszone opady, co utrudni przetrwanie królika karłowatego.
Ze względu na te zagrożenia królik karłowaty jest uważany za jeden z najbardziej zagrożonych ssaków w Ameryce Północnej. Trwają działania ochronne mające na celu ochronę królika karłowatego i jego siedliska, w tym przywracanie siedlisk, zwalczanie drapieżników i zarządzanie chorobami.