Pingwiny cesarskie budują swoje gniazda w formie „stad”, czyli ciasno upakowanych grup osobników skulonych razem, aby zapewnić sobie ciepło i ochronę przed ekstremalnymi warunkami pogodowymi na Antarktydzie. Te skupiska mogą mieć różną wielkość, od kilkudziesięciu do kilku tysięcy pingwinów.
W skupiskach pingwiny cesarskie tworzą indywidualne gniazda, wykorzystując śnieg i lód. Wydrapują w śniegu płytkie zagłębienie i wyścielają je piórami, tworząc prymitywne, ale skuteczne gniazdo do przechowywania jaj. Gniazda mają zazwyczaj średnicę od 10 do 12 cali i głębokość zaledwie kilku cali.
Należy zauważyć, że pingwiny cesarskie to jedyny gatunek pingwinów składający jaja zimą. Większość innych gatunków pingwinów rozmnaża się w cieplejszych miesiącach letnich.