Średnia długość życia żółwia karłowatego w naturze wynosi 30–50 lat. Niektóre osobniki żyją jednak znacznie dłużej. Najstarszy potwierdzony wiek żółwia karłowatego to 85 lat. Ten żółw złapano w Brazylii w 2011 roku i oszacowano, że urodził się w 1926 roku.