Podczas gdy łyse orły są zazwyczaj wierzchołkowymi drapieżnikami (na szczycie łańcucha pokarmowego), mogą być żerowane przez inne zwierzęta, w tym inne ptaki drapieżne, takie jak wielka rogatowa sowa, która może atakować łyse orły w ich gniazdach. Niedźwiedzie i wilki mogą również od czasu do czasu zabijać i jeść łyse orły. W niektórych przypadkach ludzie mogą również stanowić zagrożenie dla łysych orłów poprzez polowanie lub zniszczenie siedlisk.