Orły bielikowe giną z chorób: grypa ptasia, wirus Nilu Zachodniego, ołowiotrucie. Jaja i mlode mogą polować Puchacz i orzeł złoty. Dorosłe rzadko padają ofiarą, ale mogą zostać zabite przez większe drapieżniki. Zderzenia z liniami energii i turbinami wiatrowymi, a także polowania, pułapki i niszczenie siedlisk przez ludzi też zabijają orły bieliki.