Muchy oddychają przez system drobnych otworów, zwanych spirakulami, zlokalizowanych wzdłuż bocznych boków ciała. Powietrze wpada do spirakul i przemieszcza się siecią drobnych rurek – trachei, które rozgałęziają się do różnych części ciała. Tlen dyfunduje z trachei do tkanek muchy, a dwutlenek węgla – w drugą stronę.
Ten układ oddechowy nazywany jest otwartym systemem tracheidowym i jest powszechny u owadów. Spirakule mogą się otwierać i zamykać, co pozwala muchy kontrolować przepływ powietrza. Jest to ważne dla utrzymania odpowiedniego balansu tlenowego i zapobiegania utracie wody.
Muchy mają wysoki poziom metabolizmu i potrzebują dużo tlenu do pokrycia zapotrzebowania energetycznego. Otwarty system tracheidowy pozwala im efektywnie oddychać i utrzymać wysoki poziom aktywności.