Skóra łysego orła jest ciemnobrązowa i tłusta, z warstwą piór, która pomaga izolować go od zimna. Najbardziej zewnętrzna warstwa skóry, zwana naskórkiem, składa się z warstwy martwych komórek, które są stale zrzucane i zastępowane. Skok lub środkowa warstwa skóry zawiera naczynia krwionośne, nerwy i mieszki włosowe. Najbardziej wewnętrzna warstwa skóry, tkanka podskórna, składa się z komórek tłuszczowych, które pomagają utrzymać orła ciepło.