W młodych lasach i na regenerujących się zrębach wodniczka złotoskrzydła gniazduje. Siedliska te znacznie się zmniejszyły z powodu wyrębu, rozwoju i tłumienia pożarów. W rezultacie wodniczka złotoskrzydła utraciła znaczną część swojego zasięgu lęgowego.
Pasożytnictwo gniazdowe przez krowy brązowogłowe
Krowy brązowogłowe są pasożytami lęgowymi, co oznacza, że składają jaja w gniazdach innych ptaków. Gajówki złotoskrzydłe są szczególnie podatne na pasożytnictwo ze strony krów brązowogłowych, a gniazda pasożytnicze często nie przynoszą skutku.
Konkurencja z wodniczką niebieskoskrzydłą
Gajówki niebieskoskrzydłe są blisko spokrewnione ze złotoskrzydłymi i często konkurują o te same zasoby. Błękitnoskrzydłe wodniczki są bardziej agresywne niż złotoskrzydłe i często konkurują z nimi o pożywienie i miejsca do gniazdowania.
Zmiany klimatyczne
Zmiana klimatu stanowi także zagrożenie dla wodniczki złotoskrzydłej. W miarę ocieplania się klimatu zasięg lęgowy gajówki przesuwa się na północ. Powoduje to kontakt wodniczki z nowymi drapieżnikami i konkurentami, a także utrudnia jej znalezienie odpowiednich miejsc na gniazdo.