Główni wrogowie orła rybnego to inne ptaki drapieżne, takie jak jastrzęby, i sporadycznie ludzie. Ze względu na swój rozmiar i zwinność, orzeł rybny jest zazwyczaj dobrze przygotowany do obrony terytorium.
Jak wiele ptaków drapieżnych, orły rybne mają ostry wzrok i są przystosowane do polowania, co pomaga im trzymać potencjalnych przeciwników w ryzach.